為了貫徹落實市委、市府的重大戰略部署，按照中共中央、國務院2012年1號文件《關于加快推進農業科技創新持續增強農產品供給保障能力的若干意見》和《國務院關于武陵山片區區域發展與規劃（2011-2020年）的批復》（國函〔2011〕125號）精神，著力培育特色優勢產業，促進科學技術與產業經濟的緊密結合。全面提升石柱及武陵山區農業科技、產業發展水平，大力推動武陵山區現代農業發展。本著“院縣互動、平等自愿、互利互惠、注重實效、創新發展”的原則，經重慶市農業科學院和石柱土家族自治縣人民政府共同協商，決定在石柱縣合作建設重慶市農業科學院武陵山研究所,并就相關事宜達成了一致意見。
一、合作共建
重慶市農業科學院與石柱土家族自治縣人民政府合作共建重慶市農業科學院武陵山研究所，研究所為常設科研機構，隸屬于縣人民政府，由縣農業委員會代管，人員以專職和兼職結合。
二、合作目標和內容
合作目標：立足石柱，服務武陵山區，建成武陵山區生態農業發展科技創新基地的典范。
合作內容：主要從事以武陵山區特色效益農業（蔬菜、果樹等為主，以作物、信息、農業資源、農產品加工、質量安全、檢測、特色資源挖掘利用等為代表）的現代產業研究。包括新品種選育，簡化高效栽培技術研究,標準化生產,農業產業結構調整和模式優化，質量安全體系構建研究，農產品貯運、加工技術研究以及農業品牌的策劃與打造等。共建科研基地以及新品種、新技術示范基地,加快科技成果、技術在乙方推廣與轉化;以基地示范帶動，為石柱縣乃至整個武陵山區農業發展提供人才科技支撐。
三、管理體制
（一）研究所為股份制機構，內部按市場化運行機制。重慶市農業科學院以技術、項目等入股，石柱縣以資金、土地、房屋等入股，雙方各執50%股份。
（二）研究所班子成員由雙方共同任命，業務上接受重慶市農業科學院指導；所長由重慶市農業科學院選派，并掛職石柱縣農業委員會副主任，負責科研、管理；常務副所長由石柱縣人民政府選派，負責協調縣內各部門及鄉鎮工作。
（三）研究所重大事項由雙方共同討論決策、簽字同意后實施；日常事務經所長和常務副所長共同簽字后方可實施。
（四）根據中心研發工作需要，派遣水稻、玉米、蔬菜、果樹、食品加工、特色作物、質量安全、資環等領域8名中青年專家常駐，根據具體業務需要再派遣項目專家。具體承擔項目研究、科技示范和成果轉化工作，推動石柱縣及武陵山區農業經濟社會健康發展。
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